Nació en Bristol, Inglaterra, el 8 de octubre de 1826. Sobre la vida, los orígenes y el entorno familiar en que se educaron todos los hijos de Samuel y Hannah Blackwell ya hemos contado, cuando escribimos sobre su hermana mayor, la doctora Elizabeth Blackwell. Sobre Emily podemos agregar que era una niña tímida pero muy curiosa e inteligente. Se entretenía realizando «experimentos científicos» en el ático de la casa, convirtiéndose en una aficionada «experta» en aves y flores, principalmente a través de sus extensas lecturas y observaciones realizadas cerca del hogar.

El hecho de que su famosa hermana Elizabeth Blackwell (que fue la primera mujer en Estados Unidos en obtener un título de medicina) se hubiera abierto camino en la medicina antes que ella no facilitó en absoluto el ingreso de Emily a la profesión. Su solicitud de admisión en la facultad de medicina fue rechazada por once escuelas simplemente por ser mujer. Aunque fue aceptada por la duodécima escuela, Rush Medical College en Chicago, la presión de la Sociedad Médica de Illinois hizo que la escuela interrumpiera sus estudios al final de su primer año. Ella se negó a rendirse y comenzó a estudiar medicina con maestros privados durante un tiempo, asistió a conferencias clínicas en la ciudad de Nueva York y aceptó trabajos de enseñanza para ganar dinero extra mientras intentaba encontrar una escuela que la admitiera.

Aunque su hermana le había advertido de las sombrías perspectivas que afrontaban las mujeres médicas, Emily Blackwell no se dejó intimidar. Finalmente fue aceptada en la facultad de medicina de la Western Reserve University en Cleveland, Ohio, donde obtuvo su título de médica en 1854, cinco años después de que lo obtuviera su hermana Elizabeth en el Geneve College de New York, y cuatro después que lo obtuviera Lydia Folger Fowler, la primera mujer nacida en Estados unidos en recibirlo.

La Dra. Emily Blackwell viajó entonces a Europa para continuar sus estudios. Primero, fue a Edimburgo, Escocia, para estudiar durante un año con Sir James Young Simpson. Le impresionó tanto que la recomendó a varias de las clínicas más importantes de Europa. Como Simpson señaló en una carta a Blackwell en 1891, rara vez había conocido a un médico joven tan versado en literatura, ciencia y práctica médica. Después de un segundo año de estudio clínico y observación en Inglaterra, Francia y Alemania, Emily Blackwell regresó a Nueva York para trabajar con su hermana.

En 1857, Emily y Elizabeth Blackwell, junto con Marie Zakrzewska, abrieron el Hospital de Mujeres y Niños de Nueva York. Como las tres sabían, sus esfuerzos proporcionaban la oportunidad de atender a las mujeres como pacientes y estimular el deseo de aquellas que quisieran estudiar medicina. Si cierto es que Elizabeth Blackwell fue la gran responsable de la fundación del Hospital, el mérito de que éste sobreviviera y creciera pertenece a Emily Blackwell, sin olvidar el de la doctora Zakrzewska. Cuando ella se marchó en busca de la realización de sus propios sueños, siempre relacionado con la medicina, Emily quedó a cargo de la institución.

Durante los cuarenta años siguientes, la Dra. Emily Blackwell se hizo cargo de la gestión de la enfermería, supervisando la cirugía, la enfermería y la contabilidad. Poco después de asumir el cargo, la Dra. Blackwell viajó a Albany, la capital del estado, para convencer a la legislatura de que proporcionara al hospital fondos que garantizaran la estabilidad financiera a largo plazo. Sus notables habilidades administrativas transformaron gradualmente una institución alojada en una casa alquilada de dieciséis habitaciones en un hospital que creció de manera tan constante que se vio obligado a mudarse continuamente a locales cada vez más grandes. En 1874, la enfermería atendía a más de 7000 pacientes al año.