Morgagni nació el 25 de febrero de 1682 en Forlí, Italia. Huérfano de padre a temprana edad, su infancia y primeros años de educación constituyeron la principal responsabilidad de su talentosa madre, María Tornieli. Es notable que durante su vida adulta Morgagni reconociera con bastante frecuencia los esfuerzos y abnegación de la madre en la formación de su carácter, educación y gran parte de su éxito profesional. A los catorce años el joven terminó la educación primaria en su ciudad natal.

En 1697, a los quince años inició sus estudios en la famosa universidad de Bolonia, que se encontraba entonces en la en la cúspide de su reputación, en la que habían estudiado antes Paracelso, Falopio, Vesalio y Harvey. En ella fue en alumno de dos de los profesores más célebres de la época, Albertini y Valsalva, cuyas investigaciones sobre la anatomía del oído le aseguraron un lugar permanente en la ciencia de la anatomía. Cuando Morgagni ingresó en la universidad, Valsalva se encontraba en lo más alto de su brillante carrera como anatomista, centrado en aquel momento en su gran trabajo sobre el órgano de la audición.

No pasó mucho tiempo antes de que Valsalva identificara a Morgagni como la persona ideal para asistirlo en su labor de disección. Morgagni no solo tenía entusiasmo por el trabajo, sino que poseía, lo que es mucho más valioso dadas las circunstancias, una paciencia y una laboriosidad incansables, así como una perseverancia inquebrantable. Estas fueron las cualidades que posteriormente cimentarían su reputación. Su genio residía, sin duda, en su capacidad para el trabajo duro, y su talento especial en una infinita capacidad para el esfuerzo. Se dice que casi todas las disecciones que Valsalva requería para sus demostraciones durante las horas de clase, o para las ilustraciones de sus libros, fueron realizadas

En 1701, después de cuatro años de valiosa formación y estudios en la universidad, Morgagni obtuvo su doctorado en Medicina y Filosofía. Una idea de la estima que se profesaba a Morgagni surge del hecho de que, apenas teniendo veintiún años, ocasionalmente se le permitía asumir las responsabilidades docentes de Valsalva, cuando éste necesitaba ausentarse. Tras graduarse, pasó un tiempo en la universidad realizando trabajos especializados relacionados con la anatomía, ciencia que le interesaba profundamente. Como hemos expresado antes Bolonia gozaba entonces de una reputación impresionante; estudiantes de todos los países europeos acudían en masa, especialmente para cursar sus estudios de derecho y medicina. Entre los estudiantes de medicina, Morgagni siempre fue una figura dinámica, un referente en las diversas corrientes de pensamiento que ocupaban la mente de los estudiantes en aquel entonces.
En 1706 publicó «Adversaria anatomica», obra que comenzó a cimentar su reputación. En 1716 obtuvo la cátedra de Anatomía en la Universidad de Padua, que ocupó por 55 años, hasta su fallecimiento en 1771, a los 89 años.