Inicios de la vida profesional
Al regresar a Cuba continuó preparándose para poder revalidar su título, que le fue otorgado por la Universidad de La Habana en 1857, comenzando a ejercer en  Matanzas y la Habana. En 1859 volvió a Francia, para continuar estudiando medicina. En 1861, antes de regresar a su tierra natal estuvo brevemente en  Perú y Trinidad (Antillas Menores). El incansable viajero y estudiante se estableció definitivamente en Cuba en 1864, a la edad de 31 años. El 16 de octubre de 1865, contrajo matrimonio en La Habana con Adela Shine, nacida en la mencionada isla antillana. El matrimonio tuvo tres hijos, Charles, George y Frank.

Primeras investigaciones de Finlay alejadas de la práctica médica privada
De las terribles epidemias que azotaron la América colonial, Viruela, Cólera y Fiebre Amarilla, Cuba no pudo escapar. La viruela había sido controlada gracias a la vacunación, el gran descubrimiento de Edward Jenner, pero el Cólera y la Fiebre Amarilla continuaban causando miles de muertes en todas las colonias americanas.

Fue durante la tercera epidemia de cólera que sufriera Cuba, entre 1867 a 1871, que el doctor Finlay, el joven médico cubano graduado solo 12 años antes en el Jefferson Medical College, y solo 10 de haber revalidado su título en La Habana, llegaría a las mismas conclusiones que John Snow en 1854 , cuyos trabajos y descubrimientos conocía. En los estudios que realizó en El Cerro, un barrio de La Habana, comprobó que la proporción de enfermos de cólera era significativamente mayor a los que enfermaban en otras localidades de la ciudad. Como Snow identificó la bomba de agua de Broad Street, causante del mayor número de contagios de cólera en Londres, él dedujo que la llamada «Zanja Real», como todavía se llamaba al primitivo acueducto de La Habana, era el conducto transportador de la enfermedad en la zona.

Los resultados de sus investigaciones fueron publicados en 1873 en la revista «Anales de la Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana» bajo los títulos: «Explicación del cuadro de casos de cólera observados en el Cerro desde noviembre 11 de 1867 hasta enero 29 de 1868» y «Transmisión del cólera por aguas corrientes cargadas de principios específicos». A pesar de la indolencia del gobierno colonial, que consideraba sus afirmaciones como una crítica a su administración, Finlay afirmaba que la enfermedad pudiera ser erradicada de Cuba antes de que finalizara el siglo XIX.

Fiebre Amarilla, procedencia y arribo al Nuevo Mundo.
Aunque algunos autores estiman que la Fiebre Amarilla (FA) se encontraba presente en la América precolombina mucho antes de que llegaran los primeros conquistadores, la opinión generalizada es que arribó al continente americano procedente de África, en los navíos de los traficantes de esclavos que atracaban en las Antillas y en las colonias inglesas de América del Norte. Ahora, sin desestimar la importancia histórica de su procedencia consideramos más importante conocer la mortalidad que producía cada brote epidémico. Además de las miles de muertes ocasionadas entre las poblaciones aborígenes, otras miles se producirían en las filas de los ejércitos coloniales europeos, responsables de mantener el dominio de los territorios ocupados. En Cuba específicamente, durante la Guerra de los 10 Años, las bajas del ejército español causadas por la FA eran en ocasionalmente más numerosas que las producidas en combate. De igual forma los brotes epidémicos de la fiebre produjo otras miles de muerte en las colonias inglesas, y continúo matando indiscriminadamente en las regiones del sureste de los Estados Unidos y diezmando la mano de obra que construía el Canal de Panamá.
Las miles de muertes y los daños económicos que producía la letal enfermedad crearía la convergencia histórica que ratificaría la causa del contagio de la Fiebre Amarrilla. Decimos ratificaría, no descubriría.

Resumen sobre mortalidad, y otros daños causados por Fiebre Amarilla en Estados Unidos
Solo en 1878 la Fiebre Amarilla afectó a más de cien ciudades, y otros territorios, de los Estados Unidos,
principalmente en los Estados de Luisiana, Mississippi y Tennessee. El número de los afectados ascendió a más de 120,000, de los cuales perecieron unos 20,000; causando también al país enormes pérdidas económicas.
Ante la impotencia de los estados afectados de superar exitosamente a calamidad, el Congreso de los Estados Unidos estableció, el 3 de Marzo de 1879, una «Junta Nacional de Sanidad» , proporcionándole los recursos financieros, estimados necesarios, para el cumplimientos de su responsabilidad, aumentando posteriormente mayores recursos a las Juntas Sanitarias de los diferentes estados. El primer acuerdo importante de la Junta Nacional fue la organización de una Comisión que visitase las Antillas para el estudio del «Vómito Negro» (Fiebre Amarilla), previo acuerdo con las autoridades que regían las colonias españolas, específicamente Cuba. Al frente de estas comisiones irían Jorge M. Strnberg M. D. Cirujano del Ejército de los Estados Unidos, y el Dr. Juan Guitéras, médico cubano nacido en Matanzas y profesor de patología en la Universidad de Pensilvania 4.

Los principales objetivos de la comisión eran:
1 «Averiguar el estado sanitario de los principales puertos de la Isla que tienen comercio con los Estados Unidos, especialmente la Habana y Matanzas».
2 «Determinar las mejoras de que es susceptible dicho estado sanitario, y sobre todo las medidas que deben tomarse para impedir la introducción de la Fiebre Amarilla en las embarcaciones de dichos puertos».
3 «Acrecentar nuestros conocimientos de la Patología de la Fiebre Amarilla, es decir, de las alteraciones que opera dicha enfermedad en el cuerpo humano».
El resultado de esta comisión no sería muy diferente a las que les siguieron, solo podían concluir que los brotes epidémicos del «Vomito Negro» eran frecuentes, devastadores, y se ignoraba realmente la causa que lo producía.

Contexto histórico en que se produce el éxito de la cuarta Comisión Médica estadounidense enviada a Cuba en 1900
Finalizando el siglo XIX, España, desgasta económicamente por la prolongada guerra con los «mambises», (el ejército independentista cubano), propuso un estatus de autonomía, con representación en las cortes españolas, a los cubanos rebeldes. Esta propuesta fue rechazada por el nacionalismo predominante en el Ejercito Libertador, próximo ya a obtener un triunfo definitivo sobre el debilitado imperio colonial español.

La voladura del Maine, el acorazado estadounidense anclado en el puerto de La Habana con el propósito de proteger a los ciudadanos americanos establecidos en Cuba, fue la causa directa de la guerra hispano-estadounidense, comenzada el 25 de abril y finalizada el 12 de agosto de 1898. Al terminar la guerra Estados Unidos asumió el control de Cuba, nombrando al general Leonard Wood gobernador de la Isla.

Comisión investigadora de la Fiebre Amarilla
En 1899 el Dr. Walter Reed viaja por primera vez a La Habana para realizar un estudio sobre las enfermedades que pudieran existir en los campamentos del ejército norteamericano acantonados en la ciudad.
En 1900, la cuarta Comisión enviada a Cuba por el Departamento de Salud de los Estados Unidos, supeditada en esta ocasión al Departamento Médico Militar de los Estados Unidos, era comandada por el Dr. Reed. Asistiendo a Reed en la comisión se destacaban Jesse W. Lazear, Lewis Carroll y Arístides Agramonte, un bacteriólogo cubano nacido en Camagüey.

Investigaciones de Finlay sobre trasmisión de la Fiebre la Amarilla antes de la llegada de Reed a Cuba
Dieciocho años antes del arribo a Cuba de la Comisión comandada por el Dr. Walter Reed, el Dr. Finlay había señalado la causa del contagio y propagación de la Fiebre Amarilla. En 1881 expuso su teoría sobre el vector que producía el contagio pero, menospreciándola la ignoraron. En 1887 confirmó que el mosquito era el transmisor de los letales brotes epidémicos de Fiebre Amarilla y continuaron ignorándolo.

Investigaciones de la Comisión Norteamericana
Después de varios fracasos obtenidos en las primeras investigaciones comenzaron a revisar el trabajo de Finlay y sus afirmaciones, terminando por verificar en 1900, que el médico cubano tenía razón. No obstante, muchas razones debieron existir para atribuir a Reed el «descubrimiento» del transmisor de la Fiebre Amarilla.

Son innumerables las fuentes que acreditan a Finlay ese mérito y, a Reed, haberlo confirmardo.
Ante la realidad que tergiversó la verdad exponemos las evidencias, exentas de las interpretaciones erróneas, manipuladas por un sectarismo académico comprometido con hacer creer en Estados Unidos que a Reed correspondía el mérito de haber descubierto que el mosquito era el vector  transmisor de la temible enfermedad, sin aclarar que su gran mérito era haber confirmado lo que desde hacía años Finlay afirmaba. 

Dos citas que deben conocerse, y un sitio que debe visitarse
« …Pero el primero en anunciar claramente la teoría de la enfermedad relacionada con los mosquitos fue Carlos Finlay, de La Habana. A principios de la primavera de 1900, durante la ocupación de Cuba por Estados Unidos, una comisión nombrada por el Cirujano General Sternberg (uno de los estudiosos más enérgicos de la enfermedad) emprendió nuevas investigaciones. El Dr. Walter Reed, profesor de Bacteriología en la Escuela de Medicina del Ejército, fue nombrado a cargo; el Dr. Carroll, del Ejército de los Estados Unidos, el Dr. Agramonte, de La Habana, y el Dr. Jesse W. Lazear fueron los otros miembros. En el Hospital Johns Hopkins, estábamos profundamente interesados en el trabajo, ya que el Dr. Walter Reed era un alumno predilecto del profesor Welch, un gran amigo de todos nosotros. Y un visitante frecuente de nuestros laboratorios. El Dr. Jesse Lazear, quien había sido mi médico de cabecera, había trabajado con el Dr. Thayer y conmigo en el caso de la malaria, y dejó la dirección de mi laboratorio clínico para unirse a la comisión».
« …El descubrimiento de Reed ha permitido salvar más vidas anualmente que las que se perdieron en la Guerra de Cuba, y ahorra a los intereses comerciales del mundo una pérdida financiera anual mayor que el costo de la Guerra de Cuba».