Resulta interesante descubrir cuál fue el método educativo que convirtió a Johann Müller en un pensador conservador. Pudiera considerarse que su educación temprana estuvo bajo influencias que suelen considerarse claramente perjudiciales para la independencia de pensamiento, sin embargo, parecen haberlo ayudado a alcanzar su destino como gran pensador e investigador. Müller es sin dudas uno de los grandes hombres de la ciencia moderna, reconocido como fundador del sistema y métodos de investigación de la medicina alemana.

Este gran fisiólogo y anatomista comparativo, nació en Coblenza, Alemania, el 14 de julio de 1801. Murió en Berlín el 28 de abril de 1858. De origen humilde, era hijo de un zapatero y se supone que siendo todavía niño comenzó a aprender el oficio del padre, no obstante, también habían despertado en él los deseos de ser sacerdote. Su madre, encantada con la idea de su hijo, estaba dispuesta a hacer todos los sacrificios posibles para asegurar su educación. Fue con la intención de que se formara para el sacerdocio que Johann ingresó en la Sekunden Schule, un antiguo colegio jesuita, donde la tradición y los métodos educativos jesuitas aún pervivían, y donde algunos de los antiguos alumnos jesuitas parecen haber ocupado cargos incluso durante la época de Müller como estudiante, entre 1810-1817.
Parece probable que, debido a las tradiciones de las enseñanzas jesuitas que se conservaban en la escuela de Coblenza, y quizás también a la presencia de algunos de los antiguos maestros y profesores formados por ellos, Müller dominara bien las lenguas antiguas. Hizo sus propias traducciones de Platón y Aristóteles, consultando especialmente a este último siempre en el original, sintiendo veneración por la obra del gran filósofo naturalista griego. Dominaba el latín, lo hablaba con soltura, y la práctica en las disputas de la Universidad de Bonn le hizo familiarizarse aún más con el idioma. Tras la caída de Napoleón, el gobierno prusiano emprendió la reorganización de las escuelas y Müller se interesó más por los estudios científicos.

A los dieciocho años su amor por las ciencias naturales lo condujo a la medicina e ingresó en la Universidad de Bonn en 1819. Durante sus estudios, ganó un premio por su trabajo original sobre «Respiración del feto«, tesis que ha sido declarada la mejor obra científica jamás presentada por un estudiante en un concurso. Obtuvo el doctorado por una tesis sobre el movimiento animal. En 1824 fue nombrado profesor particular en Bonn y, en 1830, profesor ordinario de medicina. Antes de impartir clases en Bonn, estudió dos años con Karl Asmund Rudolphi en Berlín, y en 1832 fue nombrado su sucesor en la cátedra de anatomía. En 1847 fue elegido rector de la Universidad.

Müller es considerado con justicia el fundador de la fisiología moderna y padre de la medicina alemana. Su derecho a estos títulos se basa no solo en sus contribuciones personales a la ciencia, sino también en su capacidad para coordinar los resultados obtenidos por sus predecesores y para dirigir hacia nuevos campos de investigación a los discípulos que se beneficiaron de su sugestiva enseñanza. La precisión de sus observaciones añadió tal dominio de los principios y comprensión sobre la influencia de otras ciencias en la fisiología que su razonamiento, basado íntegramente en hechos, es filosófico en amplitud y profundidad.

Entre otros temas a los que Müller dedicó una investigación cuidadosa y exitosa, cabe mencionar, la acción refleja, la composición química del plasma sanguíneo, la presencia de condrina en el cartílago, el hermafroditismo en los seres humanos, la minuciosa estructura y el origen de las glándulas en el hombre y los animales, los ganglios linfáticos de los anfibios y los conductos del riñón prematuro en el feto. Su estudio de los animales inferiores resultó en el descubrimiento de generaciones alternas y en una explicación satisfactoria de las metamorfosis de los equinodermos.

De 1834 a 1840, editó los «Archivos de Anatomía y Fisiología» (″Archivos de Müller″) y colaboró con artículos en diversas revistas científicas. Sus contribuciones a la literatura médica ascienden a más de doscientas, la mayoría de gran importancia Su obra principal «Handbuch der Physiologie des Menschen», publicada en 1833 fue seguida por numerosas ediciones y traducciones.
Pero el aporte que brindó a la ciencia como investigador original y editor médico es superado por su labor docente. Entre sus alumnos se encontraban la mayoría de los hombres que hicieron de Alemania la meca de los estudiantes de ciencia en la segunda mitad del siglo XIX. Todos ellos coincidieron en proclamarlo el fisiólogo más destacado de su tiempo. La mayoría de las sociedades científicas más importantes del mundo lo honraron.

A lo largo de su vida, fue fiel a la Iglesia católica, y sus correligionarios del Rin le erigieron el monumento que se muestra abajo en  la ciudad de Coblenza.