Con toda la influencia del gobierno detrás de él, no es sorprendente que tuviera éxito en su loable proyecto de establecer una gran escuela de medicina en Viena. Fue una suerte que Auenbrugger realizara sus estudios de medicina bajo sus buenos auspicios, aunque no existen muchos detalles sobre su vida estudiantil ni del resultado de sus exámenes.
Años más tarde, siendo un joven médico recién graduado, aceptó el puesto de asistente médico residente en el hospital militar español de la Santísima Trinidad en Viena. Este hospital era grande e importante y ofrecía múltiples oportunidades para la investigación clínica. El departamento clínico de la Universidad de Viena recurrió frecuentemente a sus salas para ampliar los conocimientos de sus estudiantes.

Este hecho bastó para que el puesto de Auenbrugger tuviera un gran valor educativo. Era fácil descubrir errores de diagnóstico, ya que los casos interesantes eran revisados por algunos de los mejores médicos europeos de la época. Su puesto no le reportaba ningún salario más allá de su manutención, pero valió la pena el tiempo que le dedicaba, ya que le inculcó hábitos de investigación minuciosa. Apenas diez años después de comenzar su trabajo en este hospital publicó «Inventum Novum«, (″Nuevo Descubrimiento″). El título completo de esta pequeña obra escrita en latín, que dio inició su fama, es: «Un nuevo descubrimiento que permite al médico, a partir de la percusión del tórax humano, detectar las enfermedades ocultas en el pecho». 

El descubrimiento de Auenbrugger consistió en reconocer que las enfermedades del pecho pueden distinguirse entre sí y su carácter variable, diferenciarse por los sonidos que se producen al golpear el pecho con el dedo. A estos golpes les dio el nombre técnico, que desde entonces se ha convertido en un clásico en medicina, ″de percusión″. Dondequiera que haya aire en el pecho, es decir, en todos los pulmones sanos, el sonido producido por la ″percusión″ se asemeja al que emite un tambor sobre el que se ha colocado una gruesa tela de lana. ″Sobre el corazón, donde no hay aire, –decía –el sonido producido al percutir el pecho se corresponde muy aproximadamente con el sonido producido al golpear el muslo″.

El prefacio del pequeño libro de Auenbrugger, dice  el Dr. James J. Walshes, es un ejemplo de la concisa franqueza propia de este hombre y su forma de ser. Como modesta introducción a una obra que siempre será un clásico de la medicina, merece ser mencionado.

″Le presento, estimado lector, un nuevo signo para la detección de enfermedades del tórax, que he descubierto. Consiste en la percusión del tórax humano y la determinación del estado interno de esta cavidad mediante la resonancia variable de los sonidos así producidos. Mis descubrimientos en este tema no se plasman en papel por antojo ni por un deseo desmesurado de teorizar. Siete años de observación han puesto orden en el tema y lo han aclarado para mí, y ahora siento que debe publicarse. Preveo muy bien que encontraré no poca oposición a mis opiniones y presento mi invento al público con esa anticipación. Sin embargo, soy consciente de que la envidia, la censura, e incluso el odio y la calumnia nunca han dejado de acosar a los hombres que han iluminado el arte o la ciencia con descubrimientos o los han perfeccionado. Preveo tener que someterme a este peligro, pero creo que nadie podrá exigir cuentas por mis observaciones. He escrito únicamente lo que he aprendido mediante la observación personal repetida, y lo que mis sentidos me han enseñado durante largas horas de trabajo. Nunca me he permitido añadir ni quitar nada a mis observaciones por la seducción de teorías preconcebidas.

Sin embargo, no deseo que nadie piense que este método de diagnóstico que propongo se ha perfeccionado al máximo. Confieso con toda franqueza que existen defectos en el sistema que, espero, la observación concienzuda corregirá con el tiempo. Es posible que incluso existan otras verdades importantes para el reconocimiento de enfermedades que aún se ocultan a este método de diagnóstico. Algunas de ellas pueden resultar de gran utilidad para la diferenciación, el pronóstico y la curación de las enfermedades del tórax.
Esta fue la razón por la que, en mi experiencia personal, tras haber logrado encontrar los signos en el tórax y haber profundizado en la investigación de sus causas en la medida en que mi propia observación me fue útil, siempre he recurrido a los comentarios del ilustre barón Van Swieten, pues he considerado que todo lo que un observador pueda desear sin duda se encontrará en su obra. Así, he podido ahorrarles una larga disquisición. He encontrado en su obra una base sólida de conocimiento sobre la que puedo levantar mi pequeña superestructura.

«No dudo, sin embargo, de haber realizado un trabajo que se ganará la gratitud de todos los verdaderos devotos del arte de la medicina, ya que he logrado aclarar ciertas cosas que arrojan no poca luz sobre nuestro conocimiento de las oscuras enfermedades del pecho, un tema hasta ahora muy imperfectamente entendido.
He omitido muchas cosas que parecen dudosas porque aún no están suficientemente elaboradas. Sin embargo, me esforzaré por dedicarme fielmente a desarrollar estos puntos. Finalmente, no me he esforzado por escribir con una dicción elegante. He elegido un estilo que me permita ser comprendido plenamente″.