Considerando posiblemente que el conocimiento del mundo tangible permite comprender la relación entre Dios y el hombre, éste puede aspirar a comunicarse con Él. Debió considerar que para que esta comunicación fuera posible, sería necesario que  en el hombre existiera una «chispa» de divinidad, el «pneuma». En esa época, el «pneuma»,  respirado era sinónimo de alma. El alma, según la tradición bíblica, fue inyectada por Dios al hombre a través de la respiración.

Servet pensó que, si el alma estaba en la sangre, la mejor forma de comprenderla era estudiar la circulación sanguínea. Por ello, a Servet le interesaba más el circuito recorrido por el alma o espíritu que el curso de la sangre en sí misma. En su búsqueda, Servet descubre que, contrariamente a la concepción galenística de la circulación, la transmisión de la sangre del ventrículo derecho del corazón al ventrículo izquierdo no se produce a través de los poros del tabique del corazón, sino a través de un «magno artificio», por el que la sangre es impulsada desde el ventrículo derecho hacia los pulmones para su oxigenación, pasando luego al ventrículo izquierdo del corazón.

El espíritu natural, vital y animal. Localización
«Así pues, para que adquieras completo conocimiento del alma y del espíritu, voy a incluir aquí, lector (cristiano), una filosofía divina que entenderás con facilidad, si estás versado en anatomía. Suele decirse que hay entre nosotros tres espíritus formados de la sustancia de los tres elementos superiores: el natural, el vital y el animal. El espíritu vital és el que por las anastomosis se comunica de las arterias a las venas, en las que recibe el nombre de espíritu natural. El primero, pues, es la sangre, cuya sede está en el hígado y en las venas del cuerpo; el segundo es el espíritu vital, cuya sede está en el corazón y en las arterias del cuerpo; el tercero es el espíritu animal, una especie de rayo de luz, cuya sede está en el cerebro y en los nervios del cuerpo. En los tres está la energía del único Espíritu y Luz de Dios». (p. 169) [330-332].

El alma está en la sangre
Que el espíritu natural sea comunicado por el corazón al hígado lo demuestra la formación del hombre desde el útero, pues por cordón umbilical discurre la arteria unida a la vena, y asimismo en nosotros, después, siempre van unidas arteria y vena. El alma le fue inspirada por Dios a Adán antes al corazón que, al hígado, siéndole comunicada a éste desde el corazón. El alma le fue infundida realmente por inspiración en su rostro y narices; pero esa inspiración se dirige al corazón. El corazón es lo primero que vive, la fuente de calor en medio del cuerpo.

Toma del hígado el líquido de la vida, como su materia, y a su vez lo vivifica; de la misma manera que el líquido del agua suministra la materia a los elementos superiores y luego, al recibir la luz, es vivificado por ellos para germinar. De sangre del hígado consta la materia del alma, mediante una maravillosa elaboración que ahora vas a escuchar. Por eso se dice que el alma está en la sangre, y que el alma misma es la sangre o es-‘píritu sanguíneo. No se dice que el alma esté principalmente en las paredes del corazón, ni en la masa del cerebro o del hígado, sino en la sangre, como enseña Dios mismo.» (Gen. 9; Lev. 17; Deut. 12) (pp. 169-170) [332].

Circulación pulmonar
Para entender todo esto hay que entender primero cómo se produce la generación sustancial del propio espíritu vital, el cual está constituido y alimentado por el aire aspirado y por una sangre muy sutil. El espíritu vital tiene su origen en el ventrículo izquierdo del corazón, y a su producción contribuyen principalmente los pulmones.

Se produce en los pulmones al combinarse el aire aspirado con la sangre sutil elaborada que el ventrículo derecho del corazón transmite al izquierdo. Pero este trasvase no se realiza a través del tabique medio del corazón, como corrientemente se cree, sino que, por un procedimiento muy ingenioso, la sangre sutil es impulsada desde el ventrículo derecho del corazón por un largo circuito a través de los pulmones. En los pulmones es elaborada y se torna rojiza, y es trasvasada desde la arteria pulmonar a las venas pulmonares.

Luego, en la misma vena pulmonar se mezcla con aire aspirado y, por espiración, se vuelve a purificar de la fulígine (hollín); así, finalmente, la mezcla total, material apto ya para convertirse en espíritu vital, es atraída por la diástole desde el ventrículo izquierdo del corazón.» (p. 170) [333-334].

Argumentos a favor de la circulación pulmonar
Ahora bien, que se realice de este modo, a través de los pulmones esa comunicación y elaboración, lo demuestra la variada conexión y comunicación de la arteria pulmonar con la vena pulmonar en los pulmones, y lo confirma el notable tamaño de la arteria pulmonar, ya que ella no hubiera sido hecha tan grande, ni enviaría tal cantidad de la sangre más pura desde el corazón a los pulmones, simplemente para alimentarlos, ni de esta suerte podría ser útil el corazón a los pulmones. Sobre todo, si se tiene en cuenta que, anteriormente, en el embrión, los pulmones se nutrían de otra fuente, a causa de que esas membranitas o válvulas del corazón no se abren hasta el momento del nacimiento, como enseña Galeno.

Es, pues, evidente que tiene otra función el que la sangre se vierta tan copiosamente del corazón a los pulmones, precisamente en el momento de nacer. Lo mismo prueba el hecho de que los pulmones no envían al corazón, a través de la vena pulmonar, aire solo, sino aire mezclado con sangre. Luego tal mezcla tiene lugar en los pulmones: los pulmones dan a la sangre oxigenada ese color rojizo, no el corazón, el cual más bien lo daría negro.

En el ventrículo izquierdo del corazón no hay, además, suficiente espacio para tan grande y copiosa mezcla, ni actividad capaz de darle ese color rojizo. Por último, dicho tabique intermedio, al carecer de vasos y de mecanismos, no resulta idóneo para semejante comunicación y elaboración, por más que pueda resudar algo.» (pp. 170-171) [3341.»